赣州市科学技术局原名赣州市科学技术委员会，简称科委。原赣州地区科学技术委员会成立于1977年，1999年撤地设市时更名为赣州市科学技术委员会，2003年机构改革时更名为赣州市科学技术局，内设办公室、发展计划科、农村与社会发展科、科技成果与技术市场科、引进国外智力与科技合作科、高新技术科六个科，下辖公益一类事业单位赣州市科技创新中心，赣州市科学技术局是主管赣州市全市科学技术工作的政府组成部门。